В диалоге «Теэтет» Платон, намекая на «темноту» Гераклита, высмеивает любовь к парадоксам и загадочным изречениям каких-то гераклитовцев. Аристотеля, сформулировавшего основные законы логики, раздражала (помимо замысловатости выражения) манера эфесца совмещать противоположные понятия и представления (например, «в одну и ту же реку мы входим и не входим»).
Согласно Феофрасту, Гераклит ничего не выражает ясно в одном случае он чего-то «не договаривает», в другом — «сам себе противоречит по причине меланхолии». До нас дошла легенда, будто, выходя к людям и общаясь с ними, Гераклит всегда очень сокрушался и, презирая их за тупость, даже плакал в бессильной ярости. С тех пор за ним и закрепилось прозвище «Плачущий философ».
Не придавал ли Гераклит своим сочинениям малопонятную форму намеренно? Это могло соответствовать его философскому убеждению, выраженному в словах «Природа любит прятаться». Во всяком случае, так полагал Цицерон, оправдывая Гераклита. «Темнота» не заслуживает упрека в двух случаях либо если привносишь ее намеренно, как Гераклит, «который известен под прозвищем «Темный», ибо слишком темно о природе вещей рассуждал он», либо когда непонятность речи обусловлена темнотой предмета». Впрочем, «темен», непривычен был и предмет Гераклита, речь ведь шла о скрытой природе вещей, о труднейшей для постижения диалектике мира. Каждый из интерпретаторов высказывает свою версию, подкрепляет ее свидетельствами.
Гераклиту Эфесскому приписывается целый ряд сочинений. Так же как и другие греческие мудрецы, Гераклит, согласно свидетельствам, написал сочинение «О природе». Диоген Лаэртский сообщает, что оно делилось на три основные части: в первой речь шла о Вселенной, во второй — о государстве, в третьей — о богословии. Этим опровергается возможное представление о том, что сочинение, название которого — «О природе» — посвящено природе лишь в собственном, узком смысле слова. И можно предполагать, что в нем могло быть рассуждение о сути всего существующего. Тогда сочинение, разделенное на раздумья о Вселенной (то есть собственно о природе), о государстве и о божестве, и заключает в себе три самых главных сюжета, которые занимали всех древнегреческих философов, а вслед за ними философов других стран и эпох.
По мысли Гераклита, человек — часть природы, природа (космос), представляющая собой вечно живой огонь, никем не сотворена, она вечна и бессмертна («божественна»); человек должен сообразоваться с природой, с ее живой «душой» — вечно живым огнем-логосом, или, иначе говоря, с ее активной материально- идеальной основой, или сущностью.
Именно вечно живой огонь является первоначалом мира.